Κατά τη μυθολογία, ο Αρκείσιος, γιος του Κέφαλου και της Άρκτου,κατέλαβε τα νησιά Κεφαλλονιά και Ιθάκη από τους Τηλεβόες και έγινε βασιλιάς των Κεφαλλήνων, με έδρα του βασιλείου του την Ιθάκη. Ο Αρκείσιος παντρεύτηκε την Χαλκομέδουσα και απέκτησαν τον Λαέρτη, ο οποίος τον διαδέχθηκε στη βασιλεία. Αυτός παντρεύτηκε την Αντίκλεια κόρη του Αυτόλυκου, η οποία γέννησε τον Οδυσσέα, που έμμελε να γίνει ο πολυθρύλητος βασιλιάς της Ιθάκης. Ο Οδυσσέας παντρεύτηκε την Πηνελόπη και απέκτησαν τον Τηλέμαχο. Οι πιό αξιόπιστες μαρτυρίες για την αρχαία Ιθάκη είναι του Ομήρου και τις αντλούμε από την “Οδύσσεια”, με την μορφή των τοπονυμίων και λεπτομερειών γεωγραφικών περιοχών του νησιού. Ο Όμηρος γνώρισε καλά την Ιθάκη και έμαθε την ιστορία του Οδυσσέα διότι, σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, έζησε στο νησί φιλοξενούμενος από τον Μέντορα τον Ιθακήσιο. Η αρχαιολογική σκαπάνη έφερε στο φως ευρήματα που βεβαιώνουν ότι η Ιθάκη άκμασε κατά την μυκηναική περίοδο (1500-1100 π.Χ), κατά την οποία διαδραματίστηκαν όσα αναφέρονται στην “Ιλιάδα” και “Οδύσσεια” του Ομήρου. Γνωρίζουμε ακόμη, ότι το νησί ήταν κατοικημένο από την νεολιθική εποχή και ίσως από πριν. Το απέδειξαν τα ευρήματα (κτερίσματα τάφων: λίθινα εργαλεία, κουμπιά κ.ά.) από τις ανασκαφές της Αγγλικής Αρχαιολογικής Σχολής το 1930 (Λόφος Πηλικάτων, Σπηλιά Λοίζου). Εξάλου , έχει αποδειχθεί ότι από το 2500 π.Χ. περίπου υπήρχε στην Ιθάκη ανεπτυγμένη θρησκεία και συγκεκριμμένα κέντρα λατρείας. Αυτά έχουν αποδειχθεί από ανασκαφές και σχετικές μελέτες. Το 1500 π.Χ. περίπουμ, η Ιθάκη ήταν πρωτεύουσα ενός μεγάλου κράτους, που επεκτεινόταν στην Κεφαλλονιά, Λευκάδα, Ζάκυνθο και ακόμα και στα παράλια της Αιτωλοακαρνανίας. Μεταξύ του 1100 και του 800 π.Χ. γνώρισε την άγρια εισβολή των Δωριέων και λίγο αργότερα κατακτήθηκε από τους Κορίνθιους. Από το 800 π.Χ. έως το 300 μ.Χ. η Ιθάκη έζησε μια νέα ακμή, αν και από 180 π.Χ. περίπου εθεωρείτο υποταγμένη στους Ρωμαίους, οι οποίοι πολύ λίγη επίδραση είχαν στο νησί. Από το 300 έως το 1185 μ.Χ. ανήκε στην Βυζαντινή Αυτοκρατορία (Αναφορές σχετικά με το νησί βρίσκουμε στο έργο του Άραβα γεωγράφου Εδρισσή – 1135). Οι Νορμανδοί κατέλαβαν το νησί γύρω στα 1185. Το 1204 το παραχώρησαν στους Βενετσιάνους  Ορσίνι. Το 1537 τους διαδέχτηκαν στην κομητεία οι  επίσης Βενετσιάνοι Τόκοι μέχρι το 1479 (διάστημα οικονομικής και κοινωνικής προόδου για τους Ιθακησίους ). Το 1479 σημαδεύτηκε από την σφορδή επιδρομή των Τούρκων, υπό τις διαταγές του Πασά της Αυλώνας, Κεδούκ Αχμέτ. Μετά από λεηλασίες,φόνους και καταστροφές, η Ιθάκη απόμεινε σχεδόν έρημη! Από τους κατοίκους της, άλλοι σκοτώθηκαν, άλλοι έφυγαν και άλλοι πέθαναν από τις κακουχίες και τις αρρώστιες. Οι Τούρκοι έμειναν στην Ιθάκη 25 χρόνια. Το 1504 η Τουρκία πούλησε το νησί στην θαλασσοκράτειρα Βενετία. Οι Βενετοί πολέμησαν την πειρατεία και φρόντισαν να πυκνώσει ο πληθυσμός του νησιού. Η κυριαρχία τους κράτησε 293 χρόνια, δηλ. από το 1504 έως το 1797 . Στο διάστημα μέχρι το 1548 χτίστηκαν τρία χωριά: η Ανωγή, η Εξωγή και η Παλαιοχώρα . Το 1563 οι κάτοικοι της Παλαιοχώρας μετοίκησαν στο Βαθύ . Τότε ο πληθυσμός του νησιού ανερχόταν σε 15.000 άτομα. Κατά το διάστημα της Βενετοκρατίας οι Ιθακήσιου βοήθησαν στους αγώνες των Ελλήνων κατά των Τούρκων. Το 1797 οι Γάλλοι κατέλυσαν την κυριαρχία των Βενετσιάνων στην Ιθάκη και στα άλλα Ιόνια νησιά. Αλλά οι Ρωσοτουρκικές δυνάμεις κατέλαβαν το νησί από 1798 μέχρι το 1807. Το 1807 έγινε συνθήκη που μ΄αυτή η Ρωσία παραχώρησε τα δικαιώματα της στην Επτάνησο προς τη Γαλλία. ΄Ετσι η Ιθάκη πέρασε πάλι στα χέρια των Γάλλων, αλλά μόνο μέχρι το 1810 που την κατέλαβαν οι Άγγλοι μαζί με τα άλλα Ιόνια νησιά. Στις 21 Μαίου 1864 έγινε η ένωση της Ιθάκης και των λοιπών Επτανήσων με την Ελλάδα.